Im Fachgebiet Klinische Mikrobiologie steht der Nachweis von Erregern menschlicher Infektionskrankheiten im Mittelpunkt der Arbeit.
Bei Bedarf muß ermittelt werden, welche Antibiotika gegen den nachgewiesenen Erreger wirksam sein können.
Viele Krankheitserreger können schon unter dem Mikroskop erkannt werden, meist aber müssen die Keime unter Laborbedingungen vermehrt werden, um sie näher charakterisieren zu können. Um die dafür notwendige Zeit zu verkürzen, wurden für den Nachweis bestimmter Keime Schnellverfahren entwickelt. Die Vielfalt der Krankheitserreger bedingt ein breites Spektrum von Laborverfahren.
Sowohl manuelle Methoden als auch moderne technische Geräte kommen zum Einsatz.
Klassische Seuchenerreger wie zum Beispiel die der Pest, des Typhus oder der Diphtherie, die jahrhundertelang gefürchtet waren, sind heute bei uns von geringerer Bedeutung. Jedoch sind seit langem bekannte Infektionskrankheiten wie die Tuberkulose auch in den Industriestaaten nicht verschwunden.
Der heutige Entwicklungsstand der Medizin hat es möglich gemacht, daß in ihrer Abwehr stark geschwächte Patienten überleben können. Diese Abwehrschwäche kann durch therapeutische Maßnahmen, hohes Alter oder Erkrankungen wie zum Beispiel AIDS bedingt sein. Auch werden an Patienten zahlreiche invasive Eingriffe durchgeführt. Dies alles sind Bedingungen, unter denen für den Gesunden meist harmlose Keime zu Krankheitserregern werden können.
Die Klinische Mikrobiologie weist solche Bakterien oder auch Pilze nach.
Um die Infektionsgefahr für Patienten und Personal möglichst gering zu halten, werden regelmäßig mikrobiologische Hygienekontrollen durchgeführt.
Einwanderung und Ferntourismus führen dazu, daß auch Erreger von Krankheiten, die vorwiegend in entfernteren Ländern vorkommen, zunehmend nachgewiesen werden müssen. In diesem Zusammenhang spielt die Parasitologie eine wichtige Rolle.